Timeline Resident Evil ini terjadi 2 tahun setelah kejadian Leon
menyelamatkan anak presiden Ashley Graham di Resident Evil 4 (2004) dan 1 tahun
setelah kejadian di Resident Evil Degeneration (2005), yaitu tepatnya pada
tahun 2006. Leon disini sudah menjadi orang kepercayaan Presiden Graham
sedangkan Claire disini sudah menjadi anggota dari Terra save.
Kejadian di Resident Evil Infinite Darkness ini bermula pada bulan
Oktober 2000, intervensi AS dalam Perang Saudara dengan Negara tetangga, Penamstan,
menjadi kacau ketika sebuah helikopter Angkatan Darat ditembak jatuh. Unit
operasi khusus Angkatan Darat, dikirim ke lokasi kecelakaan sebagai misi
penyelamatan, tetapi ternyata pertempuran tersebut berubah menjadi sebuat
outbreak zombie yang sudah direncanakan. Insiden itu pun ditutupi oleh pihak
Amerika dan para prajurit yang berhasil hidup dan Kembali dianggap sebagai
pahlawan untuk pertempuran mereka melawan gerilyawan.
Kemudian 6 tahun kemudian di tahun 2006, perang saudara telah
berakhir. Sebagian besar kota di Penamstan hancur, dan para pengungsi
bergantung pada PBB dan TerraSave untuk menyediakan makanan dan tempat tinggal.
Claire Redfield yang menjadi seorang anggota Terrasave ikut Penamstan menjadi
relawan, dia menjelajahi kota untuk memeriksa salah satu kamp dan bertemu
dengan seorang anak laki-laki yang lumpuh dan bisu yang merupakan korban serangan
militer di peperangan sebelumnya. Dia memberi Claire gambar apa yang dia lihat
pada tahun 2000 – yang mengingatkan Claire akan kejadian outbreak zombie yang
terjadi di Racoon City. Claire yang terganggu oleh gambar tersebut akhirnya
menginvestigasinya atas kecurigaan adanya penggunaan t-Virus atau senjata
biologis serupa.
Beberapa hari kemudian, Gedung Putih disiagakan akibat adanya
seorang tak dikenal yang telah meretas file rahasia. Adanya kecurigaan terjadi sebuah
indikasi cyber war yang dipelopori oleh negara lainya, disini negara yang
paling dicurigai adalah China, tetapi anehnya, komputer yang diserang berada di
jaringan lokal, artinya ada orang dalam yang dicurigai menjadi pengkhianat. Semua
orang yang berada di Gedung Putih pada hari peretasan akan diselidiki yang
dipimpin oleh empat agen terbaik mereka: Patrick, Jason, Shenmei, dan Leon S.
Kennedy. Patrick adalah seorang pemula, sementara Jason dan Shenmei secara
resmi sebelumnya pernah bertugas di Penamstan, dan Leon sebelumnya bertugas di
Tim Pengejaran dan Investigasi Anti-umbrella Angkatan Darat AS, yang juga
dikenal sebagai seorang legenda karena pernah menyelematkan putri Presiden Graham,
Ashley.
Tepat saat Leon tiba di Gedung Putih, terjadi penyerangan, dimana listrik
di area Gedung putih padam. Pattrick, Jason dan Shenmei pergi mencari penyebab
listrik padam, kemudian Patrick bertemu dengan Sekretaris Pers Spacer, yang
telah terluka parah, tak lama kemudian dia berubah menjadi tak terkendali
sehingga menyerang Patrick secara membabi buta. Patrick yang tidak siap untuk
ini, dan hampir digigit, untungnya Leon datang dan menembak kepala Pers Spacer sehingga
langsung mati. Leon bertemu dengan Presiden Graham dan memperingatkannya
tentang situasi tersebut, kemudian Presiden dibawa ke bunker Bersama dengan Patrick.
Leon, Shenmei dan Jason mulai menjelajahi Gedung Putih untuk mencari penyebab
nya. Mereka menemukan virus telah menyebar dengan cepat, menginfeksi puluhan
anggota staf.
Besok nya, tim USARMIID tiba untuk mengumpulkan mayat dan
mendisinfeksi Gedung Putih. Setelah mempertimbangkan, Presiden Graham
memutuskan yang terbaik adalah menutupi insiden tersebut, dan para korban
dinyatakan telah pergi. Kemudian Claire tiba di Gedung Putih, dia bertemu dengan
Leon dan menceritakan tentang penemuannya yang berkaitan biohazard di
Penamstan. Setelah itu sebuah operasi rahasia dilakukan, di mana Leon, Jason
dan Shenmei akan menyusup ke fasilitas Shanghai. Mereka berangkat ke Guam dan
menaiki salah satu kapal selam kelas Virginia baru di Pelabuhan Apra yang dimodifikasi
dengan peralatan canggih SONAR dan dilengkapi dengan ASDS yang dimodifikasi.
Setelah gagal menemui Spacer di Gedung putih, Claire Redfield
mengambil inisiatif untuk menyelidiki Penamstan secara mandiri. Meninjau
cuplikan berita dan kliping koran, dia menyatukan informasi yang telah dia
kumpulkan di dinding. Di antara informasi ini adalah kontroversi seputar
intervensi AS, seperti tuduhan bahwa itu diatur hanya untuk mengintimidasi
Cina. Kemudian dia menemukan bahwa dari tujuh "Mad Dog" yang kembali
ke barak mereka di Texas, lima orang telah melakukan bunuh diri baru-baru ini,
tentu saja ada yang aneh.
Kembali ke kapal selam yang dinaiki Leon, Jason mulai membuka diri
kepada Leon tentang hari-harinya di Angkatan Darat, dengan Leon terlalu
terbiasa berurusan dengan Zombie. Namun, mereka memiliki pandangan yang
terpisah tentang berbagai hal; ketika Jason menggambarkan pemboman Raccoon City
sebagai operasi yang diperlukan untuk menyelamatkan Amerika Serikat, Leon
menolak, rasa pahit atas sifat pengecut Angkatan Darat dari Raccoon City. Kapal
selam itu tiba-tiba diguncang, dan Leon dan Jason menuju pergi menyelidiki apa
yang terjadi, dia menemukan beberapa kru telah terbunuh.
Leon pergi menuju ke bagian teknik, sementara Jason pergi ke tempat
lain dan bertemu dengan Shenmei dalam perjalanan ke midget submarine, Advanced SEAL Delivery System
(ASDS). Ketika mereka bertemu dengan tiga awak yang masih hidup, mereka membunuhnya dan pergi memasuki kapal cadangan.
Leon sementara itu tiba di bagian teknik untuk menemukan para teknisi juga
telah tewas. Kemudian dia bertemu dengan tikus mutan telah keluar dari dalam tubuh
mayat para teknisi. Karena tidak aman menggunakan senjata api di atas kapal
selam, Leon memanfaatkan kondisi sekitar untuk membunuh para tikus mutan yang
menyerang, tak beberapa lama kemudian dia mendengar suara sistem penghancuran
diri kapal dimulai, Leon berlari ke ASDS, menyetrum segerombolan tikus lain di
jalan hingga mati.
Ketika Leon mencapai ASDS, Shenmei menodongkan pistol ke kepalanya
tetapi diperintahkan untuk tidak dilakukan oleh Jason. Keduanya melarikan diri
dengan Leon sebagai tahanan mereka, menuju Shanghai saat kapal induk mereka
meledak. Kehancurannya kapal selam tersebut, dengan cepat diketahui oleh orang
di Washington, dan Graham diberitahu tentang hilangnya kapal yang tidak dapat
dijelaskan di dalam perairan China, sehingga seakan akan armada china yang
melakukan hal tersebut.
ASDS berhasil mencapai Shanghai. Shenmei, Jason dan Leon menuju ke
rumah persembunyian yang didirikan untuk misi mereka. Leon mencurigai keduanya
adalah pengkhianat yang bekerja untuk orang Cina, dan meskipun Jason malah
mengatakan kepadanya bahwa dia bekerja untuk mengungkap konspirasi di dalam
pemerintah, dia tidak mempercayainya. Diskusi berubah menjadi kekerasan, Leon yang
lebih cepat berhasil menembak Jason hingga terjatuh ke lantai, Shenmei pun
melarikan diri dan Leon juga berusaha mengejarnya
Claire Redfield melanjutkan penyelidikannya tentang penggunaan
senjata biologis dalam Perang Saudara Penamstan; menemukan semua kecuali dua
prajurit di "Anjing Gila" baru-baru ini melakukan bunuh diri, dia
pergi untuk menanyakan salah satu veteran yang tersisa beberapa pertanyaan,
hanya untuk menemukan dia sudah terlambat.
Sementara itu, Shenmei yang berlari dari Leon pergi melanjutkan
misinya ke rumah keluarganya di luar Shanghai. Di sana ia bertemu kakeknya, Yu
En, yang telah merawat kakaknya yang dalam keadaan vegetatif. Namun, tanpa
disadari Leon telah mengikutinya dan masuk ke kamar Jun See. Leon menyandera kepala pelayan mereka Hao Ran
dengan senjata. Mau tak mau Shenmei menjelaskan situasi dirinya dan Jason
kepada Leon. Dijelaskan melalui kilas balik Kembali saat perang di Penamstan
tahun 2000, Shenmei yang saat itu juga bekerja di militer sedang mendengar
komunikasi radio antara Wilson dan tentara di kota, meskipun tidak diizinkan
untuk menanggapi permintaan untuk evakuasi, tapi dia mendengar, Jun See, yang
adalah kakaknya masih hidup dan butuh pertolongan. Ketika para pasukan yang
selamat tiba di pangkalan, Shenmei menemui mereka dan menemukan Jun See yang
sudah bermutasi. Dia mengetahui bahwa itu semua adalah uji coba dari atasanya. Sejak
itu Shenmei bekerja dengan Jason mencoba mencari bukti yang dapat mengungkapkan
kejahatan Wilson yang telah menyebarkan senjata biologis di Penamstan.
Mad Dog mengajukan laporan palsu tentang insiden itu, hanya Jason
dan Shenmei saja yang tersisa untuk menyelidiki Wilson. Setelah enam tahun penyelidikan,
Shenmei dan Jason tidak pernah bisa menemukan bukti apapun, hingga akhirnya
mereka menyadari bahwa terdapat chip yang tertanam di tubuh Jun See ketika dia
terinfeksi, chip tersebut merekam data biometrik Jun See. Hal itu mungkin dapat
diindentifikasi dan menjadikan bukti yang kuat atas perbuatan Wilson selama
ini. Saat Shenmei sedang terus menjelaskan kondisinya ke Leon, tiba-tiba
terjadi ledakan di mansion nya sehingga membuat seluruh area disekitarnya hancur,
hanya Leon dan Shenmei, dan chip milik Jun See yang berhasil selamat. Shenmei meminta
pertolongan Leon untuk mengungkapkan kebenaran atas kejahatan Wilson kepada
public dan juga hubungannya dengan penggunaan bioterorisme. Namun Leon ragu,
karena takut hal ini akan membuat kondisi Amerika menjadi kacau.
Disisi lain di Gedung putih, Wilson akhirnya berhasil mendesak Presiden
Graham untuk membatalkan perencanaan perjanjian damai dengan Penamstan karena
dituduh melakukan hubungan Kerjasama dengan China untuk menyerang Amerika,
termasuk dengan hilangnya kapal selam yang dinaiki Leon. Saat Presiden Graham
akan berpidato, tiba tiba Patrick yang juga ada disana mendapat telepon dari Leon yang memperingatkan
bahwa dia masih hidup, dan semua masalah yang terjadi bukan karena Penamstan
ataupun China, tapi karena Wilson, Leon menginstruksikan Patrick untuk
menyampaikan pesan tersebut ke Presiden. Walau awalnya ragu, tapi Patrick
berhasil menyampaikan pesan tersebut ke Presiden, sehingga pidato perdamaian
tetap berjalan dengan lancer karena kepercayaan Presiden terhadap Leon yang
sangat besar.
Claire yang terus berusaha mendesak Wilson akhirnya diculik oleh
Wilson dan dibawa ke markas rahasianya. Awalnya Wilson ingin mengajak Claire
untuk bekerja sama dengan menawarkan sumbangan
amal untuk misi TerraSave di Penamstan, tapi Claire terus menolak tawaran
Wilson. Karena terbawa emosi, Wilson mengungkapkan rencananya yang sebenarnya -
dengan menyatakan China sebagai negara nakal, itu akan menjadi kepentingan
terbaik Penamstan untuk melanjutkan kehadiran Amerika. Untuk melindunginya dari
China, militer Penamstan dilengkapi dengan senjata biologis dalam bentuk
ratusan prajurit super, masing-masing secara efektif diperbudak oleh
ketergantungan mereka pada dosis reguler obat antiretroviral yang hanya bisa
dia berikan dan Penamstan harus terus memesan. karena, membuatnya sangat kaya
dalam prosesnya. Claire semakin emosi mendengar penjelasan dari Wilson, tak
lama kemudian datang Jason ke tempat markas rahasia itu.
Leon dan Shenmei yang juga sudah menyadari rencana Jason, bergegas
Kembali ke Washington. Mereka langsung menuju ke markas rahasia Wilson. Disana
mereka bertemu dengan Jason yang sudah bermutasi menjadi monster/ tyrant. Jason
sendiri memang sengaja tidak menggunakan Inhibitor sehingga tubuhnya berubah
tapi kesadaranya masih normal. Disini Jason akan membunuh Wilson dan ingin
menyerang seluruh warga di Amerika untuk menunjukkan ancaman dari bioweapon
melalui terror dari dirinya sendiri. Wilson yang telah terluka parah akhirnya
terinfeksi juga setelah tergencet kapsul. Karena teridentifikasi adanya
biohazard yang berbahaya system secara otomatis mengaktifkan mode sterilisasi
otomatis dengan mulai membuang larutan asam yang sangat berbahaya. Seluruh
tantara biohazard dibuang satu satu kedalam lautan asam yang terus bertambah
tinggi.
Sementara itu Shenmei memohon pada pada Jason untuk berhenti
bersikap egois dan Kembali ke rencana semula, yaitu hanya mengungkapkan saja
tanpa mengorbankan nyawa. Tapi Jason tidak mau mendengarkan dan langsung
membunuh Shenmei. Disisi lain, Claire juga yang berada disana hamper ditelan
oleh cairan asam, beruntung ada Leon yang langsung datang menolong. Mereka
berdua pun bekerja sama untuk menghentikan Jason menuju ke permukaan. Setelah
pertarungan snegiat, akhirnya Jason berhasil dijatuhkan oleh Leon dan terjatuh
ke larutan asam.Sebelum Jason mati, dia mengatakan bawha rasa ketakutan yang
sebenarnya tetap akan berjalan meskipun dia sudah tidak ada.
Perdamaian sudah terjadi, perang telah berhenti dan Wilson telah
ditangkap. Namun Leon masih memegang chip milik Shenmei. kemudian Leon bertemu
Claire di luar Gedung Putih, Claire meminta Leon untuk menyerahkan Cip tersebut
kepadanya agar dia bisa mengungkap semuanya ke public, namun karena konsekuensi
politik, Leon menolak untuk melakukannya demi kenyamanan Negara. Claire kecewa
dengan keputusan Leon dan langsung pergi meninggalkan Leon. Mungkin inilah
salah satu alas an, kenapa Leon dan Claire emang nggak akan berjodoh. Visi
mereka berdua aja udah berbeda.
